در پی حضور حماسی و شورانگیز ملت بزرگ ایران در انتخابات ۲۸ خرداد، رهبر معظم انقلاب اسلامی در پیامی پیروز بزرگ انتخابات را ملت ایران دانستند و با تأکید بر اینکه نه گلایه از دشواری معیشت، نه مخالف‌خوانی‌ها با انگیزه دلسرد کردن مردم و نه عواملی مانند تهدید بیماری فراگیر و برخی اختلال ها در آغاز ساعات اخذ رأی نتوانست بر عزم ملت فائق بیاید، خطاب به منتخبان مردم در مسئولیت والای ریاست جمهوری یا عضویت شوراها، گفتند: فرصت خدمتگزاری به کشور و ملت را قدر بدانید و انگیزه‌های خدایی را همواره مد نظر داشته باشید. به گزارش پایگاه اطلاع‌رسانی دفتر مقام معظم رهبری، متن پیام رهبر انقلاب اسلامی به این شرح است:
بسم‌الله الرحمن الرحیم
ملت بزرگ و سربلند ایران!
حضور حماسی و شورانگیز در انتخابات ۲۸ خرداد، صفحه درخشان دیگری بر افتخارات شما افزود. در میانه عواملی که هریک به‌گونه‌ای می‌توانست مشارکت در انتخابات را کم‌رنگ کند، مناظر چشم‌نواز اجتماعات شما در مراکز رأی‌گیری در سراسر کشور، نشانه آشکاری از عزم راسخ و دلِ امیدوار و دیده بیدار بود.
پیروز بزرگ انتخابات دیروز، ملت ایران است که یک‌بار دیگر در برابر تبلیغات رسانه‌های مزدور دشمن و وسوسه خام‌اندیشان و بدخواهان، قد برافراشت و حضور خود در قلب میدان سیاسی کشور را نشان داد. نه گلایه از دشواری معیشت طبقات ضعیف، نه دلتنگی از تهدید بیماری فراگیر، نه مخالف‌خوانی‌هایی که با انگیزه دلسرد کردن مردم از ماه‌ها پیش آغاز شده بود و نه حتی برخی اختلالات در جریان رأی‌گیری در ساعاتی از روز انتخاب، هیچ‌یک نتوانست بر عزم ملت ایران فائق آید و انتخابات مهم ریاست‌جمهوری و شوراهای شهر و روستا را دچار مشکل سازد.
اینجانب جبهه سپاس بر خاک می سایم و خداوند علیم و قدیر را بر توفیقی که به ملت ایران عطا کرد و نظر رحمتی که بر ایران و جمهوری اسلامی افکند، شکر بی‌پایان می گزارم. به ملت ایران شادباش می‌گویم و به حضرات محترمی که با انتخاب مردم به مسئولیت والای ریاست‌جمهوری یا عضویت شوراها در سراسر کشور دست یافته‌اند، همراه با عرض تبریک، قدردانی از این ملت باوفا و پایبندی کامل به وظایفی را که در قانون برای آنان شمرده شده است، یادآوری می‌کنم. فرصت خدمتگزاری به کشور و ملت را قدر بدانید و انگیزه‌های خدایی را همواره مد نظر داشته باشید.
لازم می‌دانم از شورای محترم نگهبان و وزارت کشور و دستگاه‌های حافظ امنیت و سلامت و رسانه پرتلاش ملی و نامزدهای محترم و همه کسانی که به‌نحوی به این آزمون بزرگ کمک کرده‌اند تشکر کنم.
به حضرت ولی‌الله‌الاعظم ارواحنا فداه که صاحب اصلی این کشور و این نظام است سلام عرض می‌کنم و درود می‌فرستم، علو درجات امام عزیز که سلسله‌جنبان حرکت عظیم ملت ایران بود و شهیدان والامقام را که برترین افتخارات کشورند، از خداوند متعال مسألت می‌کنم.
سیدعلی خامنه‌ای
۲۹ خرداد ۱۴۰۰

انتخابات سیزدهمین دوره ریاست جمهوری به ایستگاه آخر رسید و عبدالرضا رحمانی فضلی وزیر کشور اعلام کرد حجت‌الاسلام سید ابراهیم رئیسی با کسب ۱۷ میلیون و 926 هزار و ۳۴۵ رأی از آرای مأخوذه، رئیس جمهوری منتخب ایران برای چهار سال آینده شد.  وزیر کشور ظهر یکشنبه (۲۹ خرداد ۱۴۰۰) در نشستی خبری به ارائه گزارش نهایی انتخابات پرداخت و گفت: بر اساس تجمیع نتایج صندوق‌های رأی انتخابات ریاست جمهوری از مجموع واجدین شرایط ۵۹ میلیون و ۳۱۰ هزار و ۳۰۷ نفر در انتخابات سیزدهمین دوره ریاست جمهوری، ۲۸ میلیون و ۹۳۳ هزار و ۴ رأی اخذ شده با مشارکت ۴۸.۸ درصد در انتخابات شرکت کردند و محسن رضایی ۳ میلیون و ۴۱۲ هزار و ۷۱۲ رأی، عبدالناصر همتی۲ میلیون و ۴۲۷ هزار و ۲۰۱ رأی و سید امیرحسین قاضی‌زاده هاشمی ۹۹۹ هزار و ۷۱۸ رأی کسب کرده‌اند؛ ۳ میلیون و ۷۲۶ هزار و ۸۷۰ رأی باطله نیز اخذ شده است. بر این اساس سید ابراهیم رئیسی با کسب 61.95 درصد آرا به‌عنوان منتخب این دوره از انتخابات و امانتدار دستگاه اجرایی برگزیده شد.