روح بلند پیشوای مسلمانان و رهبر آزادگان جهان حضرت امام خمینی به ملکوت اعلا پیوست. به همین مناسبت از سوی حجت‌الاسلام والمسلمین سیداحمد خمینی فرزند امام خمینی بیانیه‌ای به این شرح منتشر شد.
بسم‌الله الرحمن الرحیم
اناالله و انا الیه راجعون
یا ایتها النفس المطمئنه ارجعی الی ربک راضیه مرضیه فادخلی فی عبادی و ادخلی جنتی
 روح بلند پیشوای مسلمانان و رهبر آزادگان حضرت امام خمینی، به ملکوت اعلا پیوست و دل مالامال از عشق به خدا و بندگان رنج کشیده صالحش از تپش ایستاد. اما دل‌های دردمندی که لبریز از عشق به خمینی است تا ابد خواهد تپید و خورشید رهبری امام تابناک‌تر از گذشته در عالم و آدم خواهد تابید.
خدایا اگر اینک بنده عاشق تو در جوار رحمت متعالیت مأوا گرفته است و طوفان عشق دل دریایی اش بر کرانه غربت به اطمینان و سکون رسیده است اما تو خود می‌دانی که این مصیبت عظما طوفان غم ارتحال پیامبر عظیم الشأن اسلام را در دل ها برپا کرده است و مصیبتی این چنین با عظمت را تنها لطف تو می‌تواند تسلی بخش باشد. خدایا به جان و اصل امامی که شهامت و شهادت و عزت و سربلندی را در سیاه‌ترین دوره حاکمیت استکبار به امت مظلوم بخشید به دل دردمند بندگان خوبت که حق رهبری امام بزرگ خویش را بخوبی ادا کرده و می‌کنند صبر و صلابت عنایت فرما.
خمینی روح خدا بود در کالبد زمان و روح خدا جاودانه است و این سنت تغییرناپذیر ربوبیست که مردان بزرگ که مظهر حقیقت ناب‌اند چون درگذرند خورشید وجودشان در افقی بالاتر بر آسمان جان انسان‌های حقیقت جو طلوع خواهد کرد و اندیشه و آرمان‌شان سلسله جنبان تاریخ خواهد شد.
شباهنگان کوردل که چشم دیدن خورشید را ندارند در عالم سیاه ذهن خویش انتظار غیبت آفتاب امام را می‌کشیدند اما اینک نوید مرگ همیشگی خویش را در قیامت سهمگین حضور مردمی خواهند دید که زندگی شرافتمند خود را وامدار رهبری جانبخش خمینی بزرگ‌اند و عشق متقابل امام امت که بزرگترین حماسه دوران را آفرید ضامن تدافع راه و آرمان بلند امام تا ظهور حضرت مهدی عجل‌الله تعالی فرجه الشریف خواهد بود و امت استوار دعای همیشگی خود را در ماندگاری انقلاب بزرگ اسلامی که حاصل عمر پربرکت امام خمینی بود به وضوح مستجاب می‌بیند.
تپش قلب امام اینک در قیام اوج گیرنده و مهارناپذیر مستضعفان موحد و محرومان عدالت خواه علیه مستکبران ستمگر زمان تداوم خواهد یافت. مستضعفان تازیانه خورده‌ای که امام یک لحظه از فکر آنان نیاسود و محرومانی که کرامت سرکوب شده خود را در صلابت نهیب امام خویش بر سر کاخ های کفر و بیداد بازیافتند، آفتاب وجود پُربرکت امام برای همیشه از آیینه اسلام ناب محمدی صل‌الله علیه و آله و سلم که امام خمینی آگاه‌ترین و شجاع‌ترین بیانگر آن بود بر قلب تاریخ خواهد تابید و ابرهای تردید و زبونی را از آسمان دل پابرهنگان زمین خواهد زدود و جنگ همیشگی میان فقیر و غنی و اسلام و کفر و عدالت و بیداد را گرم و شورانگیز نگاه خواهد داشت.  رهبری امام خمینی از کانون جوشان حوزه‌های علوم اسلامی تداوم خواهد یافت و عارفان و حکیمان و فقیهانی که سینه‌شان گنجینه وحی خداست و اسلام را به‌عنوان دین انسان در همه مکان‌ها و زمان‌ها عرضه خواهند داشت و زنگار خرافه و تحجر را از چهره مقدس حوزه‌ها پاک خواهند کرد ضامن جاودانگی اندیشه بلند امام اند. راه و اندیشه امام در چهره مظلوم جمهوری اسلامی که امروز کانون حقیقت اسلام و پایگاه شکست‌ناپذیر مبارزه علیه کفر و نفاق و اسلام امریکایی خواهد بود با شکوه فزاینده ادامه خواهد یافت. امروز پیکر رشید بسیج مستضعفان که مردمی‌ترین ارتش توحید در سراسر تاریخ است به بلندای تاریخ انقلاب توحیدی انسان در برابر امواج توطئه‌های دشمنان امام و اسلام ایستاده است و دو بازوی توانمند مسلح امت یعنی سپاه پاسداران انقلاب اسلامی و ارتش سرفراز اسلام که از حمایت و عنایت مداوم امام خویش قوت و سربلندی جاودانی یافته‌اند ضامن تداوم رهبری خمینی و امتداد خط روشن او تا ظهور بقیه‌الله الاعظم عجل‌الله تعالی فرجه الشریف خواهند بود. دشمنان سیاه دل که مرگ خود را در حیات امام می‌دیدند گرچه غافل از حیات جاودانه امام از تهدید و توطئه دست نخواهند کشید، اما مطمئن باشند که با وجود امتی بیدار که پرورده دست سخاوتمند امام خمینی است سیاه بختی خود را در ادامه حیات رهبری امام همیشه زنده امت خواهند آزمود.
هنگامی امام از میان امت رخت برمی بندد که وجود مقدسش در جریان انقلاب جهانی اسلام امتداد یافته است. انقلابی که از مرزهای ایران شهید پرور فراتر رفته است و نه تنها در فلسطین اشغالی، لبنان و افغانستان و دیگر سرزمین‌های اسلامی که در کانون‌های سلطه کفر جهانی چون انگلستان ناقوس مرگ استکبار بویژه شیطان بزرگ را به صدا درآورده است.کاروان سالار انقلاب اسلامی که عهد خویش را با خدای خویش به پایان برده است پیشاپیش کاروان بلند شهیدان انقلاب در پیشگاه حضرت حق با سربلندی ایستاده است و شاهد ادامه نهضت شکست‌ناپذیر اسلامی است که از پانزده خرداد 1342 به رهبری خود او آغاز شد و تا قیام حضرت حجت عج‌الله تعالی فرجه الشریف ادامه خواهد یافت و همچنان امت را به برادری و وحدت پیرامون اهداف و مصالح انقلاب اسلامی و تسلیم‌ناپذیری در برابر فشارها و توطئه‌های دشمنان فرا می‌خواند و از امت رهبری جز پاسداری از اسلام و انقلاب اسلامی نمی‌طلبد.
در پایان این مصیبت عظما را به پیشگاه ولی‌الله الاعظم حضرت حجت ابن الحسن العسگری عجل‌الله تعالی فرجه الشریف و به مردم بزرگوار و قهرمان پرور ایران و همه مسلمانان و مستضعفان جهان تسلیت می‌گویم و از خداوند بزرگ مسألت می‌کنم که همه ما را در پاسداری اندیشه‌های والای امام و ادامه راه او موفق بدارد.
 سیداحمد خمینی

در پی ارتحال امام خمینی، هیأت رئیسه مجلس خبرگان با انتشار اطلاعیه‌ای اعلام کرد آیت‌الله سیدعلی خامنه‌ای در جلسه فوق‌العاده این مجلس با کسب بیش از چهار پنجم آرا به‌عنوان رهبر نظام جمهوری اسلامی ایران انتخاب شد. متن کامل این اطلاعیه بدین شرح است:
بسم‌الله الرحمن الرحیم
مجلس خبرگان ضمن عرض تسلیت رحلت جانگداز حضرت امام امت، رهبر و بنیانگذار جمهوری اسلامی ایران با درک عمیق از مسئولیت تاریخی خود با توجه به موقعیت رفیع و حساس مقام رهبری در نظام جمهوری اسلامی ایران و با اهتمام بلیغی که حضرت امام امت و بنیانگذار جمهوری اسلامی ایران رضوان‌الله تعالی علیه در پیام‌ها و بیانات مکرر و بخصوص در دستورات و ارشادهای اخیرشان درخصوص رهبری ابراز داشته‌اند و با توجه به اصول مربوط در قانون اساسی و با آگاهی کامل از توطئه خناسان و دشمنان اسلام و انقلاب در داخل و خارج نسبت به آینده نظام مقدس اسلامی و برای آمادگی لازم در برابر هرگونه حادثه با در نظر گرفتن شرایط داخلی و خارجی و با الهام از مضامین الهی وصیت‌نامه بسیار مهم الهی سیاسی حضرت امام امت در جلسه فوق‌العاده مورخ 14/3/1368با اکثریت بیش از چهار پنجم اعضای حاضر، ۶۰ رأی موافق از ۷۴ عضو حاضر در جلسه حضرت آیت‌الله سیدعلی خامنه‌ای را به رهبری نظام جمهوری اسلامی ایران برگزید.                       
هیأت رئیسه مجلس خبرگان

صبح سه‌شنبه دوم خرداد ماه در پی خونریزی دستگاه گوارش، پزشکان یک عمل جراحی انجام دادند که بولتن‌های پزشکی آن را کاملاً موفقیت‌آمیز دانستند.
حجت‌الاسلام اکبر هاشمی رفسنجانی امام جمعه موقت و رئیس مجلس شورای اسلامی طی سخنان خود در نماز جمعه، چگونگی عمل جراحی امام را چنین توضیح داد: حدود یک هفته قبل از عمل جراحی از طریق حاج احمد آقا (خمینی) مطلع شدیم که امام مقداری احساس ضعف می‌کنند و آن حالت نشاط همیشگی را ندارند. پس از انجام معاینات و آزمایشات گوناگون مشخص شد که دستگاه گوارشی ایشان خونریزی دارد و منشأ آن نیز کاملاً شناخته شد. رئیس مجلس با توضیح این نکته که تصمیم‌گیری برای انجام عمل جراحی مشکل می‌نمود، گفت: راه مداوا با دارو اطمینان بخش نبود، اما مشکل جراحی نیز کسالت قلبی بود که قبلاً ایشان دچار آن شده بودند. پزشکان پس از ساعات طولانی بحث و مشاوره به این نتیجه رسیدند که راه صحیح، عمل جراحی است و آزمایشات نیز نشان داد قلب آمادگی انجام آن را دارد. بعد از مشورت با سران سه قوه و اعضای بیت، قضیه را با خود ایشان (حضرت امام) در میان گذاشتیم که براحتی آن را پذیرفتند. در پی این عمل جراحی، روز بعد حضرت امام دریک ملاقات محدود در بیمارستان، نزدیکان را مورد عنایت قرار دادند. سرپرست تیم پزشکی روز چهارشنبه یک روز پس از عمل اعلام کرد که امام پس از انجام عمل جراحی کاملاً به هوش آمدند و وضع عمومی ایشان خوب است و سیر طبیعی دارد. در پی عمل جراحی موفقیت آمیر حضرت امام مراسم شکرگزاری و نیایش به درگاه باریتعالی از سوی ریاست جمهوری و اقشار مختلف مردم برگزار شد. کشور یکپارچه دست به درگاه الهی برداشتند و ازخداوند متعال شفای عاجل امام امت را درخواست کردند. اطلاعیه‌های بعدی نیز روند بهبود حضرت امام را با توجه به شرایط سنی ایشان خوب اعلام کرد. اولین خبر نگران‌کننده ساعت ۸:۳۰ بعد ازظهرشنبه از بخش خبری شبکه اول تلویزیون جمهوری اسلامی ایران پخش شد. خبر بدین گونه اعلام شد:
این اطلاعیه امشب از سوی دفتر حضرت امام به این شرح انتشار یافت:
بسمه تعالی
به اطلاع ملت شریف و عزیز ایران می‌رسانیم امروز در ساعت سه بعداز ظهر در سیر درمان حضرت امام مدظله العالی مشکلی پدید آمد، پزشکان با همه کوشش خستگی‌ناپذیر خود برای درمان حضرت امام به مراقبت‌ها و درمان‌های لازم سرگرم‌اند و از همه امت خداجوی درخواست می‌کنیم دعاهای خالصانه خود را ادامه دهید. امید وانتظار می‌رود که ادعیه شما مردم مورد اجابت حضرت حق قرار گیرد.
دفتر امام خمینی

ساعت 40/16 روز سه‌شنبه شانزدهم خرداد سال 1368 برای همیشه در سینه تاریخ جاودانه شد. امروز پیکر کسی که پشت و پناه میلیون‌ها انسان ستمدیده بود سرانجام پس از سال‌ها مجاهدت، در آرامگاه همیشگی خویش آرام گرفت.
در ضلع غربی بهشت زهرا، یک فضای مربع شکل با اضلاعی بطول تقریبی ۱5۰ متر که با چندین دستگاه کانتینر محصور شده، حریم مقبره امام امت را تشکیل می‌دهد.
پیش‌از ظهریک بار پیکر مطهر حضرت امام بوسیله هلیکوپتر به این منطقه منتقل شده اما ازدحام بی‌حد مردم وهجوم به طرف تابوت حامل پیکر مطهر امام مانع از اجرای مراسم دفن
گردیده است. مأموران کمیته و سپاه تلاش می‌کنند که وسط صحن مدفن را برای اجرای مراسم آماده کنند. بالای کانتینر‌هایی که دور فضا را گرفته و فضای مدفن را از بقیه قسمت‌ها جدا می‌کند، مملو از جمعیتی است که درحال سینه زنی هستند. ساعت 32/16 هلیکوپتر می‌نشیند. همین که تابوت حامل پیکر پیاده می‌شود، صدای حسین‌حسین حاضران با نوای سرود جمهوری اسلامی که بوسیله گروه سرود ژاندارمری نواخته می‌شود بهم می‌آمیزد. تابوت حامل پیکر امام به بالای مقبره منتقل می‌شود و بدن امام در آرامگاه همیشگی در بهشت زهرا آرام می‌گیرد. جمعیت می‌گرید و بر سرو روی می‌کوبد. روی بدن مطهر امام را با خاک می‌پوشانند و قلب همه تاریخ انقلاب از پانزدهم خرداد سال 1342 تا بهمن 1357 و از آن موقع تا کنون در میان اشک و اندوه میلیون‌ها نفر به خاک سپرده می‌شود.

روزنامه اطلاعات
14 خرداد
 امام خمینی به ملکوت اعلی پیوست
16 خرداد
آخرین وصایای حضرت امام به امت اسلام
وداع پرشور امت با امام
روزنامه کیهان
14 خرداد
روح خدا به خدا پیوست
جهان اسلام در ماتم بزرگترین رهبر قرن
15 خرداد
وداع بزرگ مردم با امام
آیت‌الله خامنه‌ای «رهبر» شد
16 خرداد
 امام، خداحافظ. بزرگترین تشییع تاریخ، امروز با بدرقه پیکر مطهر امام برگزار شد
بیعت عمومی با رهبر جدید جمهوری اسلامی

روزنامه ابرار
14 خرداد
 رهبر کبیر انقلاب به ملکوت اعلی پیوست
رحلت امام خمینی جهان اسلام را در ماتم فرو برد
16 خرداد
سیه بپوش برادر سپیده رخت بربست
وصیت نامه امام خمینی، قانون جاودانه انقلاب اسلامی
عزا عزاست امروز،
مهدی صاحب زمان
صاحب عزاست امروز
17 خرداد
 امت، امام خمینی را تا بهشت بدرقه کرد
روزنامه رسالت
14 خرداد
 امام خمینی به ملکوت اعلی پیوست
16 خرداد
 متن کامل وصیت نامه سیاسی- الهی بنیانگذار جمهوری اسلامی
روزنامه جمهوری اسلامی
14 خرداد
 روح بلند امام به ملکوت اعلی پیوست
مجلس خبرگان تشکیل جلسه داد
16 خرداد
 امت با راه امام تجدید بیعت و با پیکر پاکش وداع کرد
آیت‌الله خامنه‌ای به‌عنوان رهبر جدید انتخاب شد
17 خرداد
 امت در تشییع امام قیامت کرد